La cárcel o mazmorra de Zerain se construyó junto con el ayuntamiento en 1711. En aquella época era necesario poseer, además de otros servicios, una instalación de este tipo.
La característica principal de la cárcel es que las paredes de la misma están cubiertas con tablas de roble.
Como las piedras de las paredes se unían con barro, era fácil soltar algunas y huir; razón por la que recubrían las paredes con entremados de madera de roble, a fin de que el riesgo a que los presos huyeran fuera menor.
También podemos contemplar los cepos y grilletes que utilizaban para atar a los presos más peligrosos. A algunos se les ataban de pie contra la pared y a otros en el suelo con un cepo gigante. Pero también era posible estar libre.
Todos estos años la cárcel ha recibido a toda clase de "visitantes", también a 26 presos de guerra traídos en 1835 para trabajar en las minas. En el siglo XX fue perdiendo poco a poco su uso, y en la actualidad lo conservamos como muestra de nuestra historia, ya que es la única cárcel del siglo XVI que se conserva en toda Gipuzkoa.